Dù đã thất bại, cuộc nổi dậy Pugachyov vẫn còn ảnh hưởng đến chính phủ Nga hoàng trong nhiều năm sau. Nữ hoàng Ekaterina II đã cố gắng cải tổ bộ máy hành chính cấp tỉnh, nhưng bà phải bãi bỏ những ý định cải cách khác, chẳng hạn như công cuộc giải phóng tầng lớp nông nô Nga, do nỗi ám ảnh cuộc nổi dậy Pugachyov. Chế độ Nga hoàng ngày càng trở nên bảo thủ hơn. Nhà văn Nga Aleksandr Nikolayevich Radishchev (1749 – 1802), trong tác phẩm "Chuyến hành trình từ Sankt-Peterburg tới Moskva", đã lên án sự thống trị hà khắc của Nga hoàng, đặc biệt là chế độ chiếm hữu nông nô. Trong cuốn sách này, Radishchev xem Pugachyovv và cuộc nổi dậy là một lời cảnh báo.[1]

Người ta thường gọi những nhà cách mạng của phong trào vô chính phủ Nga là "những thủ lĩnh Pugachyov trong trường Đại học".

Để tôn vinh ông, chính phủ Liên bang Xô viết (cũ) đã đặt tên Pugachyov cho thị trấn nơi chôn rau cắt rốn của ông. Trong văn học Liên Xô, ông được ca ngợi là một vị anh hùng dân tộc, đã lãnh đạo nhân dân Nga chống nhau với chế độ quân chủ và chủ nghĩa tư bản.[2]